پیشینه مرکز فناوری اطلاعات و ارتباطات به دو وزارتخانه سابق کشاورزی و جهادسازندگی برمی­گردد. در سال 1353 دفتر خدمات ماشینی زیر نظر معاونت طرح و برنامه وزارت کشاورزی شروع به کار کرد و در سال 1359 با هدف مدیریت اطلاعات در بخش کشاورزی به اداره کل آمار و اطلاعات تغییر نام یافت. ساختار تشکیلاتی اداره کل آمار و اطلاعات در آن سال شامل: واحد آمار، واحد کامپیوتر، واحد سنجش از دور، واحد اطلاع رسانی و واحد اداری و مالی بود.
در سال 1358 نهاد جهادسازندگی با فرمان حضرت امام خمینی (ره) با انگیزه سازندگی هر چه بیشتر روستاها، در تکمیل فعالیت وزارت کشاورزی تشکیل گردید و در سال 1362 این نهاد به وزارت جهادسازندگی تغییر نام یافت. برای گردآوری و ارائه آمار و اطلاعات در سال 1373 دفتر آمار و اطلاعات زیر نظر معاونت طرح و برنامه ریزی وزارت جهاد سازندگی تشکیل شد. که ساختار تشکیلاتی دفتر آمار و اطلاعات در آن سال شامل: اداره خدمات رایانه­ای ، اداره پردازش اطلاعات و اداره طراحی تولید آمار بود .
به منظور رفع نابسامانی‌ها و نارسایی‌ها در بخش کشاورزی براساس قانون برنامه سوم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران در جهت اصلاح نظام اداری، کاهش تصدی‌های غیر ضروری، ارتقای بهره‌وری و کارایی نیروی انسانی و مدیریت دستگاه‌های اجرایی، حذف موازی کاری‌ها و تجمع امور کشاورزی، دام، توسعه و عمران روستایی لایحه ادغام وزارت جهاد سازندگی و وزارت کشاورزی و تشکیل وزارت جهاد کشاورزی در دی ماه 1379، توسط سازمان مدیریت و برنامه ریزی تهیه شد که در این راستا دفتر آمار و اطلاعات وزارت جهادسازندگی با اداره کل آمار و اطلاعات وزارت کشاورزی ادغام و دفتر آمار و فناوری اطلاعات وزارت جهاد کشاورزی تشکیل شد و در سال 1391 به مرکز فناوری اطلاعات و ارتباطات زیر نظر معاونت برنامه­ریزی و اقتصادی تغییر نام یافت.